上海的自然岛屿分为海洋岛屿与内河岛屿两大系统。海洋岛屿主要分布在北部长江口和南部杭州湾一带。共有崇明岛、长兴岛、横沙岛3个有居民岛屿，大金山岛、佘山岛、九段沙等23个无居民岛屿（沙洲）。[13]岛屿以自然岛屿为主。北部长江口处的岛屿以崇明岛、长兴岛和横沙岛三个岛为主，并伴有一些小型沙洲，这是上海市最大的三个岛屿。而杭州湾处的岛屿则有金山区境内的的大金山等岛，崇明岛以东35公里有佘山岛。黄浦江游的杨浦区有一座上海市区唯一的内河岛屿—复兴岛。此外黄浦江中游还有泖岛、浏河还有浏河岛等内河岛屿。
崇明岛南门港
崇明岛是由长江携带下来的大量泥沙冲积而成，唐武德元年（618年）仅是长江中的两个小沙洲，面积只有十餘平方公里[14]。后几经变迁，现在东西约80多公里，南北宽约10-15公里，面积为1041平方千米。被誉为“长江门户、东海瀛洲”是世界最大的河口冲积岛和中国第三大岛。
长兴岛和横沙岛位于崇明岛以南的江口，将江水分为南北二水道。长兴岛俗称鸭窝沙，露出水面不过百年左右，分为石头沙、瑞丰沙、潘家沙、鸭窝沙、金带沙五个部分。近40年来才逐渐成一岛。与吴淞相对。横沙岛在长兴岛东面，由横沙岛和元沙岛组成，面积约为40平方公里。
九段沙是在长江口深水航道南侧新淤积形成的沙岛，总面积为420平方公里（-6米），其中吴淞0米线以上面积145平方公里。目前无常住人口，2000年建立上海市九段沙湿地自然保护区[15]。